在以太阳为母星的杰一鲁太阳系中，并存着三个彼此呈互为犄角的惑星。

　　4个种族在500年漫长的战争过后，终于选择了和平共存的道路，在经历了大约100年的和平时期，谁也不知道灭亡的脚步声正在渐渐的逼近。

　　在杰一鲁太阳系同盟条约缔结100周年庆典上，主人公和他的妹妹一同前往大典的举办场地。

　　也许这一开始就充满坎坷的道路，也预示着灾难的到来，突然袭来的未知宇宙生命体“SEED”，袭击了同盟军的舰队，正在狂欢的人群马上处于混乱状态，主人公的妹妹也在爆炸中与主人公隔开。

　　为了拯救被阻隔的妹妹，主人公向警备队借出了装备，向未知的前方发起了挑战。